Penyebab utama bau mulut adalah bakteri di dalam mulut. Mulut dan tenggorokan adalah rumah bagi bakteri aerob yang membutuhkan oksigen agar dapat hidup, bersama dengan bakteri anaerob yang tidak membutuhkan oksigen. Bakteri aerob mencegah penyebaran bakteri anaerob. Namun, kondisi yang tepat di mulut dan tenggorokan dapat menyebabkan bakteri anaerob berkembang biak dengan cepat, yang membuat bakteri aerob pergi dan merusak keseimbangan alami yang sehat di mulut. Makanan utama bakteri anaerob adalah sisa makanan dari makanan yang kaya protein, seperti daging, ikan, atau produk susu. Semakin banyak protein yang bisa dimakan bakteri, semakin pesat mereka dapat berkembang biak. Ekskresi yang dihasilkan oleh bakteri anaerob adalah penyebab bau mulut. Senyawa sulfur yang mudah menguap ini menyebabkan napas berbau busuk, itulah sebabnya bakteri ini disebut bakteri pembusuk.
Kebersihan gigi yang baik mencegah penumpukan sisa makanan di mulut dan menghalangi terwujudnya kondisi yang ideal bagi perkembangbiakan bakteri pembusuk.